chempink

Kamis, 19 April 2012

Coretan 1 : friend??

Sebenarnya kamu kenapa sih? marah karena aku ga cerita ke kamu? kecewa karena ngerasa ga dianggep? kalo emang iya...ngomong langsung ke aku. jangan cuma nulis di twitter, terus tiap kali ketemu seolah-olah ga saling kenal. disapa pun cuma ngeliat sekilas dengan tampang jutek. Keadaan ga akan membaik kalo kamu terus diem dan cuekin aku. dan aku yakin kamu juga ga nyaman bersikap kayak gitu terus. aku tau aku emang salah. aku akui itu emang kekuranganku : egois dan tidak terlalu peduli lingkungan sekitar. Tapi aku udah minta maaf kan?? Terus aku harus gimana lagi? Apa aku tiap hari harus nemuin kamu atau sms buat cerita? Itu sulit sekarang karena kamu udah pindah kelas dan kita punya kesibukan masing-masing.
Kamu tau kan kalo aku emang suka cerita-cerita ke siapa aja asalkan ada kesempatan. Dan masalahnya saat kita ketemu belum ada waktu yang pas buat cerita. kalopun ada kesempatan aneh juga kalo aku tiba-tiba cerita karena keadaan kita udah kayak gini.
Sebelumnya aku minta maaf kalo kamu tersinggung dengan kata-kataku, tapi jujur aja sikap kamu sekarang ini nunjukin kalo kamu childish. Kalo kamu emang ngerasa semakin jauh, apa salahnya sih coba deketin. jangan maunya dideketin terus. Kalo ada masalah cobalah diomongin, jangan cuma diem karena ga semua orang bisa ngertiin kamu kalo kamunya ga ngomong, kayak aku.
Tolong jangan diemin aku lagi. Aku sedih kita jadi semakin jauh kayak gini. Asalkan kamu tau kamu itu salah satu teman terbaikku dan aku ga pengen kehilangan kamu. Tolong maafin aku. Aku ingin kita seperti dulu lagi.

Rabu, 04 Januari 2012

Kumpulan Materi dan e-book Kimia Komputasi

Chemdoodle

ChemDoodle adalah software yang digunakan untuk menggambar struktur kimia baik dalam bentuk 2D atau 3D, sehingga teman-teman dapat memahami struktur senyawa kimia menurut teori. Software ini juga menyediakan tool-tool yang yang mudah digunakan seperti ikatan, berbagai macam bentuk cincin, orbital, spektra, grafik, tabel periodik dan masih banyak tool-tool yang lain yang memudahkan kita untuk menggunakannya. Software ini hampir mirip dengan software ChemSketch dan ChemOffice. Software ini bisa dijalankan di sistem Windows, Linux, OSX dan didukung oleh program Java.

Bagi teman-teman yang berminat untuk memiliki software ini untuk menyelesaikan tugas dari guru maupun dari dosen silakan di downloaddisini. Untuk melakukan penginstalan software ini membutuhkan program Java sebagai software pendukung. Program Java dapat di download disini. Tutorial software ChemDoodle dapat di downlaod di youtube.

Analisa Hyperchem (Pemodelan Spektoskopi UV)

Tujuan

Analisis spectra UV senyawa dengan metode semi empiris

Latar belakang

Di dalam program hyperchem, anda dapat menghitung beda energi antara keadaan elektronik dasar dengan keadaan elektronik tereksitasi dari system molecular dengan menggunakan metode ab initio atau metode semi empiris kecuali extended hukel. Untuk menghasilkan spectrum UV, anda harus melakukan perhitungan metode single excited CI (configuration interaction) dengan metode ab initio atau semiempiris yang dipilih. Gunakan kotak dialog Electronic Spectrum untuk menampilkan dan menganalisis spectrum UV-Vis yang dihasilkan dari perhitungan single excited CI. Setelah anda melakukan perhitungan single point, maka pilihan Electronic Spectrum pada menu compute akan aktif dan siap digunakan untuk analisis.

Frekuensi transisi v didefinisikan sebagai

Ei adalah energi keadaan awal dan Er adalah keadaan akhir dan h adalah tetapan Plank. ZINDO/S diparameterisasi khusus untuk pengukuran spectra UV-Vis, namun demikian metode semi empiris yang lain atau ab initio juga dapat digunakan.

Aplikasi dari spectroskopi UV-Vis sangat luas, termasuk didalamnya fitokimia, fotobiologi, fotofifik dan spektroskopi analisis. Beberapa contoh topik penggunaan spectroskopi UV-Vis antara lain :

· Perubahan serapan panjang gelombang dari zat warna akibat perubahan substituen.

· Mempelajari spectra transfer muatan pada ion logam-ligan.

· Menentukan transisi absorpsi UV-Vis yang didasarkan pada keterlibatan orbital dalam transisi.

Sebagai catatan, jika anda mempelajari molekul organic yang mempunyai ikatan terkonjugasi seperti cat, seringkali hanya diperlukan sedikit orbital dalam CI. Sebagai contoh, jika akan menentukan spectrum UV dari asam p-aminobenzoat, spektroskopi (200-350 nm) secara akurat dapat diperoleh dengan hanya menggunakan 2 orbital pada orbital terisi dan tidak terisi, dibandingkan dengan memasukan masing-masing 10 orbital. Spectra orbital akan memberikan semakin banyak garis pada daerah energi tinggi tetapi tidak memberika pengaruh besar pada panjang gelombang maksimum. Akurasi dari spectrum yang diprediksi bergantung pada ukuran, yaitu ruang aktif orbital dari perhitungan CI, karena perhitungan CI lebih lama dibandingkan dengan SCF, maka ukuran molekul menjadi factor utama ketelitiannya.

Prosedur

1. gambarkan struktur dibenzalaseton dengan berbagai variasinya (ada 3 buah konformasi yang mungkin dibentuk), dan ubahlah dalam bentuk 3D dengan klik ganda pada tool selection (atau klik menu Build, pilih add H & Model build)

2. pilih metode semi empiris PM3 pada menu setup. Pada kotak dialog options, pilih RHF spin pairing (mutlak dipilih RHF, bukan UHF), atur total Charge pada nol, spin multiplicity pada 1,dan pilih lowest state.

3. pilih CI, dan pilih Singly Excited sebagai metode CI yang dikenal sangat efisien dan sangat baik dalam menentukan energi spektroskopi. Pilih Orbital Criterion, dan tentukan jumlah orbital terisi (occupied) dan orbital tidak terisi (unoccupied).

4. tutup kotak dialog dengan klik pada ok, kemudian pilih single point dari menu compute. Hyperchem akan melakukan perhitungan SCF untuk mendapatkan konfigurasi elektronik pembanding (reference) yang terasosiasi dengan keadaan dasar singlet dari molekul. Kemudian hyperchem menghasilkan satu seri konfigurasi tereksitasi singly, menghitung matrik Hamiltonian antara mereka dan kemudian didiagonalisasi suatu matrik untuk dapat menganalisis spectra UV-Vis.

5. jika perhitungan sudah selesai, pilih Electronic Spectrum pada menu compute. Dua set garis akan dimunculkan pada kotak dialog. Pada bagian atas akan dimunculkan semua keadaan elektronik tereksitasi (singlet dan triplet), sedangkan pada bagian bawah hanya menunjukan keadaan yang aktif secara spektroskopi dan intensitas relative mereka. Jika diklik pada bagian bawah, maka garis berwarna hijau akan berubah menjadi violet dan di kotak bawah akan ditunjukan hasil analisisnya.

6. lakukan analisis UV-Vis terhadap senyawa yang lain (variasi R dengan –OH, -OCH3, -NO2, -COOH, -NH2, COOCH3) dan bandingkan hasil pengukuran UV dengan data eksperimental yang tersedia. Untuk mendapatkan hasil yang sesuai, anda juga harus memvariasi metode semiempiris yang digunakan dalam metode single point.

Hasil

Gugus ( R )	λ maksimum
-H
-OH
-OCH3
-NO2
-COOH
-NH2
-COCH3

Analisis

1. jelaskan pengaruh substituen terhadap λ maksimum yang diperoleh dari perhitungan kimia komputasi.

ZINDO adalah metode semiempiris yang parameterrisasinya didasarkan pada data spektroskopi sehingga diharapkan pengukuran spectra dengan metide ZINDO akan menghasilkan data yang bersesuaian dengan data eksperimen. Bandingkan hasil yang anda peroleh dengan hasil yang diperoleh dengan metode ZINDO.

Kalzium

Apa itu Kalzium? Apakah tulisan itu tidak salah, bukannya kalsium tulisan yang benar?
Kalau yang dimaksud adalah unsur kalsium yah memang salah, tapi Kalzium adalah nama sebuah software (open source software – OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi standalone ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodik.

Apa sajakah yang bisa digunakan dari kalzium dalam pemebelajaran kimia sma? Materi-materi pelajaran kimia, baik di kelas 10, kelas 11 IPA, maupun kelas 12 IPA bab-bab tertentu sangatlah tepat memanfaatkan kehebatan Kalzium. Tentu ini hanya merupakan alternatif dalam penggunaan media pembelajaran. Sampai saat ini Kalzium belum mendukung untuk sitem operasi Windows. Hanya bisa berjalan untuk sistem operasi Linux. Oleh karena itu di sarankan pengguna yang ingin mencobanya sebaiknya meningstall sistem operasi Linux di komputernya. Toh ini barang gratis dan halal. Masih enggan menggunakan linux alasan tidak bisa?! Bukan jamannya lagi, Linux semakin mudah digunakan dan user friendly atuh. Tetap ngeyel?! Yah sudah gunakan alat seperti ini (atau semacam virtual mesin) agar kalzium bisa jalan di Windows kesayangan anda.

Bagi yang ingin menginstall Kalzium ada sedikit tutorial yang telah dibuat rekan lain sebelumnya. Saya saat ini menggunakan Sabily Manarat 10.04 salah satu sistem operasi turunan Linux Ubuntu 10.04. Pada saat menginstall Sabili Manarat 10.04 itu ternyata Kalzium sudah dalam satu paket penginstallan. Jika belum yah silahkan di install sebagaimana tutorial yang diberikan rekan saya tadi. Untuk sedikit review tentang aplikasi ini sebaiknya mengunjungi blognya rekan radithtux ini.

Bagaimana cara menggunakan Kalzium? Silahkan kunjungi The Kalzium Handbook Ok? Atau kalau mau dan berminat versi offline-nya saya telah menyiapkannya di pranala ini (1,4 MB format rar). Silahkan unduh dan ekstrak file rar tersebut, buka folder hasil ekstrakan itu, klik file index.html maka akan terbuka dalam mesin peramban yang anda punyai. Silahkan jelajah lebih lanjut secara offline. Kalau kesulitan mengunduh file tersebut silahkan tinggalkan pesan, insya Allah akan saya kirim via surel (email).

Sebaiknya kita mengenali lebih dahulu semua menu dan tool yang tersedia pada bagian utama Kalzium, dengan demikian kita bisa melakukan eksplorasi kehebatan Kalzium dan menerapkan pada pokok bahasan yang sesuai. Dengan Kalzium secara live (membukanya saat proses pembelajaran di kelas) kita bisa menjelaskan pokok bahasan struktur atom dan sitem periodik. Dapat juga meng-capture (menangkap gambar dilayar monitor kemudian mengambil bagian yang penting) untuk disisipkan saat membuat modul pembalajaran. Boleh juga kita buatkan tutorial agar siswa menggunakan Kalzium untuk mempraktekannya sendiri dengan penugasan tertentu.

Ok, selanjutnya kita eksplorasi lebih jauh penggunaan Kalzium terutama alat (tool) yang bisa dimanfaatkan dalam pembelajaran.

Sumber : http://urip.edublogs.org/2010/09/17/optimalisasi-penggunaan-kalzium-dalam-pembelajaran-kimia-1-2/

Chempup

Chem Pup adalah sistem software unik yang tertanam pada Puppy Linux dengan banyak aplikasi kimia. Aplikasi yang disediakan oleh Chem Pup sebagai berikut :

GElement – SPU dengan beragam information
Nomen – Tata nama senyawa
JChemPaint – struktur 2D
JMol – struktur 3D
OpenBabel – converter
Avogadro – pembangun molekul 3D dengan kekuatan medan-pengecil dan dinamika molekul simulator
ChemTool – file spreadsheet disesuaikan dengan converter dan kalkulator mol massa
Gnotebook – spreadsheet disesuaikan untuk digunakan sebagai notebook praktikum kimia

Contoh menggunakannya :

Analisa Chemoffice

ChemDraw pro versi 8.0 merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer. Software ini dapat membantu anda dalam menggambar struktur kimia dengan berbagai fasilitasnya, hanya dengan mengkliknya, tool tersebut akan bekerja untuk anda.

Tool-tool dalam ChemDraw mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang dapat anda susun menjadi struktur kimia sehingga tidaklah sulit bagi anda untuk menggambarkan struktur yang kompleks sekalipun, bahkan juga dalam berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.
Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung dengan mengklik tool, seperti struktur cincin benzena, siklopentana, sikloheksana dan senyawa siklis yang lain. Tool dalam ChemDraw juga menyajikan gambar struktur untuk asam amino, DNA, dan RNA yang terdapat dalam template, anda tinggal klik, membawanya ke layar, drag, maka jadilah gambar struktur anda.
ChemDraw merupakan program aplikasi untuk menggambar yang di lengkapi dengan tool-tool sehingga pengguna dapat dengan mudah membuat gambar yang diinginkannya hanya dengan mengklik tool-tool tersebut, dengan ChemDraw anda tidak akan mengalami kesulitan di dalam membuat struktur kimia. Hal ini tentu sangat membantu anda dalam menulis skripsi, thesis, karya ilmiah, ataupun jurnal, bahkan anda juga dapat mengkomunikasikan struktur yang anda miliki ke dunia web jika komputer anda di lengkapi dengan program aplikasi ChemOffice yang lain. Gambar yang telah anda buat juga dapat dengan mudah dicetak atau dibawah ke dalam program aplikasi lain seperti Ms. Word.
ChemDraw juga dapat menganalisis struktur kimia yang telah kita gambar dengan menggunakan Analys Struktur pada menu Structure, di sini anda dapat mengetahui sifat-sifat fisik struktur tersebut, misalnya, titik didih, titik leleh, berat molekul, temperatur, tekanan, dll.

Referensi http://faijalchemistry.blogspot.com/2010/06/chemdraw-pro-versi-8.html