Kumpulan Materi dan e-book Kimia Komputasi

Materi Kimia Komputasi

Praktikum Kimia Komputasi I

Praktikum Kimia Komputasi II

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI I: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 2: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 3: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 4: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 5: Oleh: Prof Harno D Pranowo

MATERI WORD KIMIA KOMPUTASI: oleh: Prof Harno Pranowo

Materi Kimia Komputasi II: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Kumpulan Jurnal Kimia Komputasi

PowerPoint Computer Modeling

PowerPoint Metode QMMM 1

PowerPoint Metode QMMM 2

PowerPoint Metode QMMM 3

Terjemahan Metode QMMM Hyperchem

Interaction of cysteine with Cu2+

Download Buku Kimia Komputasi Gratis

Introduction to Computational Chemistry

Frank Jensen, Second Edition

Computational Chemistry Jerzy Leszczynski, Volume 6

Computational Chemistry Jerzy Leszczynski, Volume 9

Computatioanal Chemistry Theories and Models Christopher J Cramer, Second Edition

Computatioanal Chemistry Theories and Models Christopher J Cramer, Second Edition NEW

Computational Chemistry Introduction to the Theory and Applications of Molecular and Quantum Mechanics, Errol Lewars

Computational Chemistry and Molecular Modeling K.l.Ramachandran, G.Deepa, K.Namboori

Computational Chemistry, David C, Young

Molecular Modelling Principles and Applications Andrew R.Leach, Second Edition

Modelling Molecular Structures, Alan Hinchliffe, Second Edition 

Practical Aspects Of Computational Chemistry Jerzy Leszczynski. Manoj K. Shukla

High Performance Computing in Chemistry (NIC),Johannes Grotendorst

Computational Chemistry David C Young

A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations Warren J.Hehre

Ab Initio Molecular Dynamics Dixminik Marx and Jung Hutter

Adsorption and Diffusion in Zeolites A Computational Study Thijs Joseph Henk Vlugt

Panduan Penggunaan Gaussian 03

Dictionary of Chemistry 


Sumber: http://faijalchemistry.blogspot.com/2010/05/download.html

Chemdoodle

ChemDoodle adalah software yang digunakan untuk menggambar struktur kimia baik dalam bentuk 2D atau 3D, sehingga teman-teman dapat memahami struktur senyawa kimia menurut teori. Software ini juga menyediakan tool-tool yang yang mudah digunakan seperti ikatan, berbagai macam bentuk cincin, orbital, spektra, grafik, tabel periodik dan masih banyak tool-tool yang lain yang memudahkan kita untuk menggunakannya. Software ini hampir mirip dengan software ChemSketch dan ChemOffice. Software ini bisa dijalankan di sistem Windows, Linux, OSX dan didukung oleh program Java.






Bagi teman-teman yang berminat untuk memiliki software ini untuk menyelesaikan tugas dari guru maupun dari dosen silakan di downloaddisini. Untuk melakukan penginstalan software ini membutuhkan program Java sebagai software pendukung. Program Java dapat di download disini. Tutorial software ChemDoodle dapat di downlaod di youtube.

Analisa Hyperchem (Pemodelan Spektoskopi UV)

Tujuan

Analisis spectra UV senyawa dengan metode semi empiris

Latar belakang

Di dalam program hyperchem, anda dapat menghitung beda energi antara keadaan elektronik dasar dengan keadaan elektronik tereksitasi dari system molecular dengan menggunakan metode ab initio atau metode semi empiris kecuali extended hukel. Untuk menghasilkan spectrum UV, anda harus melakukan perhitungan metode single excited CI (configuration interaction) dengan metode ab initio  atau semiempiris yang dipilih. Gunakan kotak dialog Electronic Spectrum untuk menampilkan dan menganalisis spectrum UV-Vis yang dihasilkan dari perhitungan  single excited CI. Setelah anda melakukan  perhitungan  single point, maka pilihan Electronic Spectrum pada menu compute akan aktif dan siap digunakan untuk analisis.

Frekuensi transisi v didefinisikan sebagai

Ei adalah energi keadaan awal dan Er adalah keadaan akhir dan h adalah tetapan Plank. ZINDO/S diparameterisasi khusus untuk pengukuran spectra UV-Vis, namun demikian metode semi empiris yang lain atau ab initio  juga dapat digunakan.

Aplikasi dari spectroskopi UV-Vis sangat luas, termasuk didalamnya fitokimia, fotobiologi, fotofifik dan spektroskopi analisis. Beberapa contoh topik penggunaan spectroskopi UV-Vis antara lain :

·         Perubahan serapan panjang gelombang dari zat warna akibat perubahan substituen.

·         Mempelajari spectra transfer muatan pada ion logam-ligan.

·         Menentukan transisi absorpsi UV-Vis yang didasarkan pada keterlibatan orbital dalam transisi.

Sebagai catatan, jika anda mempelajari molekul organic yang mempunyai ikatan terkonjugasi seperti cat, seringkali hanya diperlukan sedikit orbital dalam CI. Sebagai contoh, jika akan menentukan spectrum UV dari asam p-aminobenzoat, spektroskopi (200-350 nm) secara akurat dapat diperoleh dengan hanya menggunakan 2 orbital pada orbital terisi dan tidak terisi, dibandingkan dengan memasukan masing-masing 10 orbital. Spectra orbital akan memberikan semakin banyak garis pada daerah energi tinggi tetapi tidak memberika pengaruh besar pada panjang gelombang maksimum. Akurasi dari spectrum yang diprediksi bergantung pada ukuran, yaitu ruang aktif orbital dari perhitungan CI, karena perhitungan CI lebih lama dibandingkan dengan SCF, maka ukuran molekul menjadi factor utama ketelitiannya.

Prosedur

1.      gambarkan struktur dibenzalaseton dengan berbagai variasinya (ada 3 buah konformasi yang mungkin dibentuk), dan ubahlah dalam bentuk 3D dengan klik ganda pada tool selection (atau klik menu Build, pilih add H & Model build)

2.      pilih metode semi empiris PM3 pada menu setup. Pada kotak dialog options, pilih RHF spin pairing (mutlak dipilih RHF, bukan UHF), atur total Charge pada nol, spin multiplicity pada 1,dan pilih lowest state.

3.      pilih CI, dan pilih Singly Excited sebagai metode CI yang dikenal sangat efisien dan sangat baik dalam menentukan energi spektroskopi. Pilih Orbital Criterion, dan tentukan jumlah orbital terisi (occupied) dan orbital tidak terisi (unoccupied).

4.      tutup kotak dialog dengan klik pada ok, kemudian pilih single point dari menu compute. Hyperchem akan melakukan perhitungan  SCF untuk mendapatkan konfigurasi elektronik pembanding (reference) yang terasosiasi dengan keadaan dasar singlet dari molekul. Kemudian hyperchem menghasilkan satu seri konfigurasi tereksitasi singly, menghitung matrik Hamiltonian antara mereka dan kemudian didiagonalisasi suatu matrik untuk dapat menganalisis spectra UV-Vis.

5.      jika perhitungan sudah selesai, pilih Electronic Spectrum pada menu compute. Dua set garis akan dimunculkan pada kotak dialog. Pada bagian atas akan dimunculkan semua keadaan elektronik tereksitasi (singlet dan triplet), sedangkan pada bagian bawah hanya menunjukan keadaan yang aktif secara spektroskopi dan intensitas relative mereka. Jika diklik pada bagian bawah, maka garis berwarna hijau akan berubah menjadi violet dan di kotak bawah akan ditunjukan hasil analisisnya.

6.      lakukan analisis UV-Vis terhadap senyawa yang lain (variasi R dengan –OH, -OCH3, -NO2, -COOH, -NH2, COOCH3) dan bandingkan hasil pengukuran UV dengan data eksperimental yang tersedia. Untuk mendapatkan hasil yang sesuai, anda juga harus memvariasi metode semiempiris yang digunakan dalam metode single point.

Hasil

Gugus ( R )	λ maksimum
-H
-OH
-OCH3
-NO2
-COOH
-NH2
-COCH3

Analisis

1.      jelaskan pengaruh  substituen terhadap λ maksimum yang diperoleh dari perhitungan kimia komputasi.

ZINDO adalah metode semiempiris yang parameterrisasinya didasarkan pada data spektroskopi sehingga diharapkan pengukuran spectra dengan metide ZINDO akan menghasilkan data yang bersesuaian dengan data eksperimen. Bandingkan hasil yang anda peroleh dengan hasil yang diperoleh dengan metode ZINDO.

Kalzium

             Apa itu Kalzium? Apakah tulisan itu tidak salah, bukannya kalsium tulisan yang benar?
Kalau yang dimaksud adalah unsur kalsium yah memang salah, tapi Kalzium adalah nama sebuah software (open source software – OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi standalone ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodik.

       

     

    Apa sajakah yang bisa digunakan dari kalzium dalam pemebelajaran kimia sma? Materi-materi pelajaran kimia, baik di kelas 10, kelas 11 IPA, maupun kelas 12 IPA bab-bab tertentu sangatlah tepat memanfaatkan kehebatan Kalzium. Tentu ini hanya merupakan alternatif dalam penggunaan media pembelajaran. Sampai saat ini Kalzium belum mendukung untuk sitem operasi Windows. Hanya bisa berjalan untuk sistem operasi Linux. Oleh karena itu di sarankan pengguna yang ingin mencobanya sebaiknya meningstall sistem operasi Linux di komputernya. Toh ini barang gratis dan halal. Masih enggan menggunakan linux alasan tidak bisa?! Bukan jamannya lagi, Linux semakin mudah digunakan dan user friendly atuh. Tetap ngeyel?! Yah sudah gunakan alat seperti ini (atau semacam virtual mesin) agar kalzium bisa jalan di Windows kesayangan anda.

       Bagi yang ingin menginstall Kalzium ada sedikit tutorial yang telah dibuat rekan lain sebelumnya. Saya saat ini menggunakan Sabily Manarat 10.04 salah satu sistem operasi turunan Linux Ubuntu 10.04. Pada saat menginstall Sabili Manarat 10.04 itu ternyata Kalzium sudah dalam satu paket penginstallan. Jika belum yah silahkan di install sebagaimana tutorial yang diberikan rekan saya tadi. Untuk sedikit review tentang aplikasi ini sebaiknya mengunjungi blognya rekan radithtux ini.

       

        Bagaimana cara menggunakan Kalzium? Silahkan kunjungi  The Kalzium Handbook Ok? Atau kalau mau dan berminat versi offline-nya saya telah menyiapkannya di pranala ini (1,4 MB format rar). Silahkan unduh dan ekstrak file rar tersebut, buka folder hasil ekstrakan itu, klik file index.html maka akan terbuka dalam mesin peramban yang anda punyai. Silahkan jelajah lebih lanjut secara offline. Kalau kesulitan mengunduh file tersebut silahkan tinggalkan pesan, insya Allah akan saya kirim via surel (email).

       Sebaiknya kita mengenali lebih dahulu semua menu dan tool yang tersedia pada bagian utama Kalzium, dengan demikian kita bisa melakukan eksplorasi kehebatan Kalzium dan menerapkan pada pokok bahasan yang sesuai. Dengan Kalzium secara live (membukanya saat proses pembelajaran di kelas) kita bisa menjelaskan pokok bahasan struktur atom dan sitem periodik. Dapat juga meng-capture (menangkap gambar dilayar monitor kemudian mengambil bagian yang penting) untuk disisipkan saat membuat modul pembalajaran. Boleh juga kita buatkan tutorial agar siswa menggunakan Kalzium untuk mempraktekannya sendiri dengan penugasan tertentu.

     

Ok, selanjutnya kita eksplorasi lebih jauh penggunaan Kalzium terutama alat (tool) yang bisa dimanfaatkan dalam pembelajaran.

Sumber : http://urip.edublogs.org/2010/09/17/optimalisasi-penggunaan-kalzium-dalam-pembelajaran-kimia-1-2/

Chempup

Chem Pup adalah sistem software unik yang tertanam pada Puppy Linux dengan banyak aplikasi kimia. Aplikasi yang disediakan oleh Chem Pup sebagai berikut :

• GElement – SPU dengan beragam information
• Nomen – Tata nama senyawa
• JChemPaint – struktur 2D
• JMol – struktur 3D
• OpenBabel – converter
• Avogadro – pembangun molekul 3D dengan kekuatan medan-pengecil dan dinamika molekul simulator
• ChemTool – file spreadsheet disesuaikan dengan converter dan kalkulator mol massa
• Gnotebook – spreadsheet disesuaikan untuk digunakan sebagai notebook praktikum kimia

 Contoh menggunakannya :

Analisa Chemoffice

ChemDraw pro versi 8.0 merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer. Software ini dapat membantu anda dalam menggambar struktur kimia dengan berbagai fasilitasnya, hanya dengan mengkliknya, tool tersebut akan bekerja untuk anda.

Tool-tool dalam ChemDraw mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang dapat anda susun menjadi struktur kimia sehingga tidaklah sulit bagi anda untuk menggambarkan struktur yang kompleks sekalipun, bahkan juga dalam berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.
Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung dengan mengklik tool, seperti struktur cincin benzena, siklopentana, sikloheksana dan senyawa siklis yang lain. Tool dalam ChemDraw juga menyajikan gambar struktur untuk asam amino, DNA, dan RNA yang terdapat dalam template, anda tinggal klik, membawanya ke layar, drag, maka jadilah gambar struktur anda.
ChemDraw merupakan program aplikasi untuk menggambar yang di lengkapi dengan tool-tool sehingga pengguna dapat dengan mudah membuat gambar yang diinginkannya hanya dengan mengklik tool-tool tersebut, dengan ChemDraw anda tidak akan mengalami kesulitan di dalam membuat struktur kimia. Hal ini tentu sangat membantu anda dalam menulis skripsi, thesis, karya ilmiah, ataupun jurnal, bahkan anda juga dapat mengkomunikasikan struktur yang anda miliki ke dunia web jika komputer anda di lengkapi dengan program aplikasi ChemOffice yang lain. Gambar yang telah anda buat juga dapat dengan mudah dicetak atau dibawah ke dalam program aplikasi lain seperti Ms. Word.
ChemDraw juga dapat menganalisis struktur kimia yang telah kita gambar dengan menggunakan Analys Struktur pada menu Structure, di sini anda dapat mengetahui sifat-sifat fisik struktur tersebut, misalnya, titik didih, titik leleh, berat molekul, temperatur, tekanan, dll.



Referensi http://faijalchemistry.blogspot.com/2010/06/chemdraw-pro-versi-8.html

Menggambar Struktur Lewis Menggunakan ChemSketch

Penggambaran struktur molekul menurut Lewis (aka struktur Lewis) merupakan gambaran yang masuk akal yang bisa diterima selama ini. Visualisasinya biasanya menggunakan dot atau tanda x atau yang lain, juga boleh menggunakan variasi warna. Tujuan penggambaran ini hanyalah untuk memudahkan siapa saja yang ingin memahami struktur atom atau molekul.

Jika ingin mengambarkan struktur Lewis secara manual tidaklah sulit. Namun pada saat menuliskan/menggambar dengan program olah kata itu akan menyulitkan. Oleh karena itu akan lebih mudah kalau menggunakan perangkat lunak pendukung yang khusus. Misalnya dengan menggunakan Chemsketch.

Penggunaan ChemSketch untuk menggambar struktur Lewis sangat mudah. Di situ sudah tersedia beberapa model dan kita bisa menambahkannya sendiri sehingga pada saat diperlukan kita tinggal klik saja.

Cara menggambar struktur Lewis:

1. Buka ChemSketch: Klik Start-> Program -> ACDLabs 12 -> ChemSketch
2. Klik F5 atau klik menu Template -> Template Windows

3. Pilih model struktur Lewis yang sesuai dengan meng-klik-nya dan kemudian klik pada area kerja ChemSketch. Misalnya saya pilih struktur Lewis dari CH4.

 

 4. Pindahkan dari mode Structure ke mode Draw agar struktur Lewis tadi bisa dikopi

 5. Klik struktur Lewis tadi kemudian kopi dengan Tombol Ctrl + C atau klik Edit -> Copy

 6. Buka pengolah kata yang biasa anda pakai.

7. Letakkan (paste/rekat) pada posisi di mana anda akan meletakkan struktur Lewis kemudian Ctrl+V atau klik menu Edit -> Paste pada pengolah kata tadi
8. Lakukan hal yang sama untuk struktur Lewis lainnya.

Bagaimana kalau kita ingin menambah model Lewis yang tidak tersedia di Template-nya ChemSketch?
Berkas (file) untuk template ini sebenarnya terletak pada c:\program files\acdfree12\template\. Kita bisa memodifikasi dan membuat sendiri template yang belum tersedia. Untuk menambah atau memodifikasi template yang ada.

1. Buat model struktur lewis secara manual pada mode Draw. Gunakan atau aktifkan Tool Edit Texts yang berada tepat di bawah tulisan Draw. Mulailah menggambar struktur Lewis satu persatu dan dengan menggunakan beberapa template yang tersedia (seperti dot dll). Setelah selesai menggambar itu lakukan grouping dengan klik menu Object dan pilih Group. Jangan lupa sebelumnya seleksi semua gambar tadi. Untuk mengkopi bagian tertentu praktis (tekan tombol Ctrl sambil men-drag apa yg akan dikopi kemudian meletakkan di sisi lain.

 2. Setelah selesai pada menu Templates klik Save User Template…

3. Isikan nama template dan tempat penyimpanan template yang anda buat pada folder tertentu.

4. Template siap digunakan dan secara otomatis ada dalam jendela template windows.

Selamat mencoba..

Sumber : http://urip.wordpress.com/2010/11/05/menggambar-struktur-lewis-menggunakan-chemsketch/

Jchem paint

JChemPaint (or JCP for short here) is the editor and viewer for 2D chemical structures developed using CDK. It is implemented in several forms: a Java application and two varieties of Java applet.

JChemPaint Editor applet

• An applet is a Java program that runs only within a web page.
• The JCP Editor allows the user to draw chemical structures, and to import and export structure data in plain-text formats (SMILES, Molfile, CML)
• It also allows to programmatically load and display a chemical structure, which can then be edited by the user.

For demonstration, the Steinbeck group (EBI) hosts various releases of the applet. You can try the stable relase there, or preview the development version.

A snapshot of the 3.0 release applet is given below: 

 

To learn how to insert and use the applet within a web page, see JChemPaint Inside Webpages.  

JChemPaint Viewer applet

• (An applet is a Java program that runs only within a web page.)
• The JCP Viewer only allows to programmatically display a chemical structure, which the user cannot modify.
• Demo page

To learn how to insert and use the applet within a web page, see JChemPaint Inside Webpages. 

JChemPaint application

• The application is a stand-alone program. It needs an installed Java Virtual Machine for operation. If your system does not have a JVM, get it from Sun's Java website.
• The JCP application has all the functionality of the JCP Editor applet (see below), plus file input and output.

Below a screenshot of the 3.0 release: 

Features

These are the most prominent capabilities of the application; most of them are also available in the applets.

• Drawing and deletion of single, double, triple and stereo bonds.
• Ring templates (3-8 atoms) with one-click attachment.
• An extensive template library.
• Colouring of atom types, and other rendering settings.
• Editing of atomic charges, isotopes and hydrogen count.
• Loading and saving of structures in Chemical Markup Language (CML) and as MDL MOL files and SDF files (loading only).
• Automated Structure Layout, also known as Structure Diagram Generation.
• Loading structures from the Internet using CAS or NSC number.
• Normalization of structures, currently limited to aromaticity detection.
• Saving bitmap pictures of the structures.
• Saving structures as graphics (PNG, BMP, Scalable Vector Graphics (SVG)).
• Postscript printing.

In some aspects JChemPaint is different from other 2D editors:

• JChemPaint is open source and free software. We believe that scientific software, especially when its development was publicly funded, should be free. As the GNU people put it: «`Free software´ is a matter of liberty, not price. To understand the concept, you should think of `free speech´, not `free beer´». Everyone can participate in the development of the program. Everyone can download and change the source code, provided that they make the changes publicly available again, according to the GNU Lesser General Public License, LGPL. This ensures that the community can take advantage of any bugfix or enhancement made to the system. It also ensures that a scientist, who needs a standard piece of software like a structure editor as a helper application in his/her new program, does not have to reinvent the wheel over and over again because all the structure editors that have been written before are now proprietary software. If there is a free structure editor, he/she can focus on the real science.
• JChemPaint is in constant development and you can help (see below).
• Since JChemPaint is written in Java, it runs on any computing platform and operating system for which a Java Virtual Machine (of version >= 1.3 up to JCP 2.4 and version >= 1.5 for JCP > 2.4) has been implemented (like Linux, Windows, Solaris, AIX and others).
• JChemPaint is available free of charge.
• JChemPaint is translated into several languages: Dutch, French, German, Polish, Portuguese and Spanish. 

Source : http://sourceforge.net/apps/mediawiki/cdk/index.php?title=JChemPaint

BlankOn 7.0 Pattimura

BlankOn 7.0 Pattimura  merupakan versi terbaru distribusi BlankOn. Distribusi ini dikembangkan oleh Yayasan Penggerak Linux Indonesia (YPLI) dan Tim Pengembang BlankOn. BlankOn merupakan distribusi linux khas Indonesia yang menyertakan beragam perangkat lunak yang sering digunakan oleh masyarakat pada umumnya, seperti program perkantoran, aplikasi keuangan, aplikasi Internet, menggambar (baik vektor maupun bitmap), dukungan untuk memainkan beragam format berkas multimedia, serta aplikasi menarik lainnya.

Pengembangan BlankOn bukan semata-mata ingin membuat distribusi Linux baru, namun lebih dimotivasi oleh keinginan untuk meningkatkan kualitas dan kuantitas dalam kemampuan pengembangan perangkat lunak bebas/terbuka. Yang pada hakikatnya merupakan salah ciri khas bangsa Indonesia yang memiliki semangat bergotong-royong. 

Tim pengembang BlankOn percaya bahwa bangsa Indonesia mampu dan tidak kalah dengan bangsa-bangsa lain di dunia. Oleh karena itu kami aktif mengundang siapa pun yang berminat dan memiliki semangat yang sama untuk bergabung dalam pengembangan BlankOn.

Nama kode Pattimura diambil dari nama Pahlawan Nasional Indonesia, Thomas Matulessy yang juga dikenal dengan nama Pattimura.

Yang Baru di BlankOn 7.0 Pattimura 

BlankOn 7.0 Pattimura  mempunyai beberapa fitur aplikasi yang memudahkan Anda untuk membantu pekerjaan setiap hari, menikmati hiburan, behubungan melalui fasilitas internet sampai aplikasi pendidikan. 

 

Aksara Nusantara

Pattimura mendukung enam jenis '''Aksara Nusantara''', yaitu aksara Bugis, Batak Toba, Bali, Sunda, Rejang dan Jawa. Aksara-aksara ini adalah aksara khas daerah yang terdapat di daerah Indonesia. Aksara Rejang dan Jawa merupakan penambahan terbaru di versi ini.

Kamus cepat Stardict

Pattimura menyediakan Kamus Stardict yang mendukung penerjemahan Bahasa Inggris ke Bahasa Indonesia dan Bahasa Indonesia ke Bahasa Inggris. Terjemahan lain yang disediakan melalui Lumbung Paket BlankOn adalah Bahasa Sunda Ke Indonesia dan Bahasa Sunda ke Bahasa Indonesia, Kamus Besar Bahasa Indonesia, serta Tesaurus Bahasa Indonesia.

Peramban web Chromium

Pattimura menyertakan peramban web Chromium versi 15 untuk akses cepat ke website kesukaan Anda. Ringan, mudah digunakan dan aman dan sudah mendukung HTML5.

Pemutar lagu Exaile

BlankOn mendukung penuh terhadap dunia hiburan dan dunia desain grafis, Anda bisa menikmati menonton film, mendengarkan musik serta melakukan desain grafis dengan perangkat lunak bebas/terbuka seperti gimp, Inkscape, dan sebagainya.

Modem USB flip-flop

Akhir-akhir ini sedang booming modem USB flip-flop di mana para pengguna takut jika usb modem mereka tidak terdeteksi di berbagai macam distribusi Linux. BlankOn 7.0 Pattimura mendukung beragam model dan merek modem USB yang beredar di tanah air sehingga Anda tidak perlu lagi khawatir. Tancap modem dan Anda siap berselancar di Internet dengan BlankOn 7.0 Pattimura.

Album foto Shotwell

BlankOn 7.0 Pattimura menyediakan program album foto Shotwell yang memudahkan Anda dalam mengatur puluhan bahkan ratusan ribu foto digital dalam komputer Anda. Anda dapat dengan mudah pula mengirim foto-foto tersebut ke layanan album foto populer di Internet baik Flickr, Facebook, maupun Picasa.

Lumbung Paket BlankOn

Lumbung Paket di BlankOn menyediakan ribuan aplikasi yang dapat dipasang langsung melalui sambungan internet.

Tim Pengembang BlankOn juga menyediakan lumbung paket dalam DVD yang dapat diperoleh dari alamat: http://arsip.blankonlinux.or.id/dvdrepo/ 

Unduh sekarang juga!

BlankOn 7.0 Pattimura dapat diunduh dari Pusat Unduhan CD BlankOn berupa Live CD.

Sumber : http://www.blankonlinux.or.id/catatan-rilis/pattimura/ 

Analisa Hyperchem (Stabilitas Karbonkation dan hiperkonjungsi)

Tujuan :

            Mengkaji stabilitas beberapa karbokation dan pengaruh hiperkonjugasi terhadap panjang ikatan kerapatan muatan menggunakan perhitungan semiempiris AMI.

Latar Belakang

            Karbokation menunjukkan satu dari sangat penting dan sering dijumpai dari jenis zat antara yang terlibat dalam reaksi senyawa organik. Stabilitas relatif karbokation dapat dijadikan indikasi untuk keberadaannya dalam reaksi yang sedang berlangsung. Banyak cara menjelaskan kestabilan karbokation, salah satunya adalah hiperkonjugasi.

            Hiperkonjugasi meliputi tumpang tindih antara suatu ikatan (orbital ikatan) dengan orbital p yang kosong yang terdapat dalam atom karbon bermuatan positif (lihat gambar dibawah ini). Walaupun gugus alkil yang terdapat pada atom karbon positif tersebut dapat berputar, satu dari dari ikatan sigma selalu sebidang dengan orbital p kosong pada karbokation. Pasangan elektron pada ikatan sigma ini disebarkan ke orbital p kosong sehingga menstabilkan atom karbon yang kekurangan elektron.

                      orbital p kosong                         tumpang tindih

                                    karbokation                      gugus alkil

           

Kita dapat memikirkan fenomena hiperkonjugasi seperti yang kita jumpai dalam bentuk klasik. Sebagai contoh bahwa isopropyl kation distabilkan oleh hiperkonjugasi menghasilkan beberapa bentuk resonansi seperti dinyatakan dalam bentuk berikut :

            Hiperkonjugasi akan meningkatkan order ikatan dari ikatan CC (lebih bersifat ikatan rangkap) dan akan berakibat memendekkan ikatan CC. Perlu ditekankan juga bahwa akan terjadi fenomena melemahnya dan memanjangnya ikatan CH yang dinyatakan dengan kerapatan elektron pada orbital p kosong. Akhirnya muatan positif yang signifikan dipindahkan kepada atom H yang terlibat dalam hiper-konjugasi.

Prosedur

Langkah awal adalah menggambarkan dan mengoptimasi beberapa karbokation yaitu t-butil, sek-butil, dan n-butil. Anda dapat memulai menggambarkan hidrokarbon dan menghilangkan 1 atom H yang terikat dalam atom karbon untuk menghasilkan karbokation.

1.      Gunakan menu draw untuk menggambarkan isobutana.

2.      Klik pada build dan kemudian add H & Model Build.

3.      Gunakan menu Selection dan hapus atom H sesuai dengan karbokation yang digambar.

4.      Klik Setup dan kemudian semi empiris.

5.      Klik AMI dan kemudian options.

6.      Atur Total Charge pada 1 dan Spin Multiplicity pada 1 (semua spin terpasangkan)

7.      Lakukan optimasi dengan memilih Compute dan kemudian Geometri Optimizaion.

8.      Setelah perhitungan selesai, catat panas pembentukannya.

Pencatatan data

1.      Catat panjang ikatan CC, semua panjang ikatan C_sp3-H (karbon C_sp3-H terikat pada karbon C_sp2) dan semua sudut antara pusat karbon C_sp2.

2.      Klik pada Display dilanjutkan dengan Labels.

Klik pada Charge dilanjutkan dengan OK. Muatan atom akan dimunculkan. Catat muatan pada atom H yang ikut terlibat dalam hiperkonjugasi (pada C_sp3 yang terikat pada C_sp2). Catat jika terjadi perbedaan. Atom H dengan muatan terbesar akan lebih banyak terlibat dalam hiperkonjugasi. Cetak struktur dengan muatan atomnya dan lampirkan pada lembar laporan

ChemTool, Pengkonversi Mol dan Massa Zat dari ChemPup

ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini.

Ini adalah bentuk aslinya.

Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.

 

Kalau berminat (meskipun tidak begitu penting) silahkan unduh dari sini (file xlsx) 13,5 KB.

Saya kira file ini akan dikembangkan lebih lanjut, sebab sudah banyak yang menggunakan spreadsheet untuk digunakan dalam pengajaran kimia seperti yang saya tulis di blog ini: Mengembangkan Simulasi Matematika untuk Kimia dengan Excel.

Semoga bermanfaat.

Di kutip dari: 

http://urip.wordpress.com/2011/06/08/chemtool-pengkonversi-mol-dan-massa-zat-dari-chempup/

Hyperchem dan Manfaatnya

   HyperChem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows NT. HyperChem merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain. 

Analisa yang dapat dilakukan Hyperchem  

· Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Manipulation)
· Display Molekul (Molecular Display)
· Kimia Komputasi (Computational Chemistry)
· Metode Komputasi (Computational Methods)

Input Struktur dan Manipulasi

1. Mengambar molekul dengan program ini relatif sederhana. Pilih unsur dari tabel periodik, kemudian di click dan ditarik dengan mouse. Dengan mouse kita dapat mengkontrol rotasi di sekitar ikatan, mengatur stereokimia molekul dan mengubah struktur.

2. Dengan mouse-controlled tools kita dapat melakukan seleksi, rotasi dan translasi serta mengubah ukuran struktur. Setting pada menu harus dimodifikasi terlebih dahulu untuk mengontrol operasi dari tools.

3. Untuk mengkonversi struktur 2D menjadi struktur 3D dapat dikerjakan dengan HyperChem’s model builder.

4. Penggunaan constraint terhadap struktur relatif mudah. Kita dapat melakukan constraint terhadap panjang ikatan, sudut ikatan, sudut torsi dan juga terhadap atom yang diinginkan.

Display Molekular (Molecular Display)

· Pilihan rendering : Ball-and-stick, fused CPK spheres dengan pilihan shading and highlighting. Juga vdW dots, cylinders dan overlapping spheres.

· Ribbon rendering untuk protein backbones, dengan pilihan sidechain display.

· 3D Isosurfaces atau 2D contour plots untuk: muatan total, kerapatan muatan, orbital molekul, kerapatan spin, potensial elektrostatik (ESP), ESP dipetakan pada 3D charge density surface.

· Pilihan isosurface rendering: wire mesh, Jorgensen-Salem, transparent dan solid surfaces, Gouraud shaded surface.

· Selama simulasi dapat ditampilkan rerata energi kinetik , energi potensial, energi total dan parameter molekul seperti panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi.

· Animasi mode vibrasi dari spektra IR

Kimia Komputasi
Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan dalam mencari keadaan transisi. Selain itu kita dapat juga mempelajari pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau simulasi Metropolis Monte Carlo.

Jenis Perhitungan
Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimisasi geometri, frekuensi vibrasi,
pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekular, simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.
1. Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari struktur yang telah ditentukan (tanpa proses optimasi)
2. Perhitungan optimisasi geometri menggunakan algoritma minimisasi energi untuk mendapatkan struktur paling stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.
3. Perhitungan frekuensi Vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teroptimisasi. Spektrum teroptimisasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.
4. Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dihitung. Dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di dalam HyperChem 5.
a) Metode Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk proses unimolekular atau setiap sistem molekular yang mode vibrasi naturalnya cenderung menuju ke suatu keadaan transition.
b) Metode Synchronous transit khususnya berguna jika reaktan dan produk sangat berbeda. Terdapat dua
metodologi synchronous transit yang diimplementasikan di dalam HyperChem yaitu Linear synchronous Transit (LST) dan Quadratic Synchronous transit (QST).
5. Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem molekular. Waktu pemanasan, keseimbangan dan pendinginan dapat diterapkan dalam simulasi ini dan juga dapat digunakan untuk proses-proses yang bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi konstan atau tenperatur konstan.
6. Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan pelarut tanpa memasukkan secara implisit molekul-molekul pelarut.
7. Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk mengeksplorasi konfigurasi yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk sekuruh sistem yang sudah berada dalam keadaan keseimbangan.

HASIL PERHITUNGAN DENGAN HYPERCHEM
Prediksi:
HyperChem dapat digunakan untuk menentukan beberapa sifat struktur antara lain :
· Stabilitas relatif dari beberapa isomer
· Panas pembentukan
· Energi aktivasi
· Muatan atom
· Beda energi HOMO-LUMO
· Potensial Ionisasi
· Afinitas elektron
· Momen dipol
· Tingkat energi elektronik
· Energi korelasi elektron

MP2
· Energi keadaan tereksitasi CI
· Sifat dan struktur keadaan transisi
· Energi interaksi non-bonded
· Spektra serapan UV-VIS
· Spektra Absorpsi IR
· Pengaruh isotop pada vibrasi
· Spektra serapan IR
· Efek Collision pada sifat struktur
· Stabilitas dari kluster

Simulasi
· Interaksi Docking
· Pengaruh temperatur pda gerakan molekul
· Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
· Interaksi intermolekular pada kluster

METODE KIMIA KOMPUTASI
             HyperChem merupakan program yang dapat secara teliti digunakan untuk mengetahui struktur, stabilitas dan sifat molekul dengan menggunakan perhitungan mekanika molekular maupun mekanika kuantum. Tersedia metode sederhana untuk menghasilkan struktur molekul 3D. Kita dapat memilih 10 jenis metode semiempiris dan menggunakannya untuk mengoptimasi geometri suatu senyawa agar didapatkan struktur yang paling stabil. Kita dapat menjalankan perhitungan semiempiris mulai dari atom hidrogen sampai xenon, termasuk logam transisi. Metode ab initio dilengkapi dengan variasi himpunan basis akan dapat digunakan untuk menentukan sifat struktur molekul secara akurat.

Aplikasi mekanika kuantum:
Beberapa sifat dan struktur molekul yang dapat diprediksi dengan menggunakan metode kimia kuantum antara lain:
· Penentuan interaksi orbital batas (frontier) antara molekuldonor dan aseptor seperti yang digambarkan pada reaksi siklisasi Diels-Alder.
· Mendapatkan muatan atomik parsial menggunakan analisis populasi Mulliken untuk memprediksi sisi molekul yang mudah diserang oleh pereaksi.
· Menghasilkan peta potensial elektrostatik yang dapat memberikan gambaran trajektori dalam penerapan proses docking antara obat dan reseptor.
- Menghitung kerapatan spin tak berpasangan untuk mengidentifikasi sisi reaktif pada molekul atau untuk membandingkan dengan data ESR.
· Dalam bidang spektroskopi UV-Vis, perhitungan kimia kuantum dapat memprediksi intensitas dan panjang gelombang dari transisi elektronik dan juga dapat memprediksi lokasi dari keadaan aktif secara non-sepktroskopi.
· Dalam bidang spektroskopi IR, perhitungan kimia kuantum dapat memperkirakan intensitas dan bilangan gelombang dari garis serapan vibrasi dan sekaligus dapat menggambarkan gerakan dari mode normal dengan menggunakan vektor dan animasi.

Kekuatan dan fleksibilitas:
Beberapa pilihan untuk perhitungan struktur elektronik adalah:
· Sistem dengan muatan apapun dan dengan multiplisitas spin sampai harga 4 dapat dipelajari.
· Perhitungan Restricted and Unrestricted Hartree-Fock (RHF/UHF) pada sistem dan sel terbuka dapat dilakukan.
· Keadaan dasar dan keadaan tereksitasi pertama dapat dihitung..
· Dapat diterapkan perhitungan dengan metode interaksi konfigurasi (Configuration Interaction, CI) menggunakan kriteria orbital atau energi dengan single atau metode microstate. Kita akan mendapat menghasilkan hasil perhitungan yang berguna antara lain:
· Grafik kontur untuk orbital molekul, muatan dan kerapatan spin, dan potensial elektrostatik.
· Gambaran dari diagram tingkat energi orbital.
· File Log (rekaman) yang berisikan data numerik energi, panas pembentukan, momen dipol, koefisien orbital molekul dan matrik kerapatan.

Metode Komputasi

1. Metode mekanika kuantum ab initio.
· Tersedia pilihan beberapa himpunan basis di dalam program ini. Himpunan basis standar yang biasa digunakan antara lain STO-3G, 3-21G, 6-31G* dan 6-31G**.
· Fungsi-fungsi basis ekstra (s, p, d, sp, spd) dapat ditambahkan ke atom-atom individual atau ke sekelompok atom.
· Pengguna juga dapat mendefiniskan himpunan basisnya sendiri atau memodifikasi himpunan basis yang telah ada dengan menggunakan HyperChem‘s documented basis set file format.

2. Mekanika Kuantum Semiempirik.
· HyperChem menawarkan sepuluh metode molekular orbital semiempirik, dengan pilihan untuk senyawa organik dan senyawa-senyawa gugus utama, untuk senyawa-senyawa transisi dan untuk simulasi spektra.
· Metode yang tersedia adalah Extended Huckel (oleh Hoffmann), CNDO dan INDO (oleh Pople dkk.), MINDO3, MNDO, MNDO/d dan AM1 (oleh Dewar dkk.) PM3 (oleh Stewart), ZINDO/1 dan ZINDO/S (oleh Zerner dkk.).

3. Mekanika Molekuler
HyperChem dapat digunakan secara mudah dalam menghasilkan struktur molekul 3D, dengan pilihan 4 metode mekanika molekular, teknik optimasi geometri untuk mendapatkan struktur stabil, dan teknik dinamika molekular untuk mendapatkan pencarian konformasi dan menginvestigasi perubahan struktur.

Penerapan metode mekanika molekular:
· Perhitungan energi konformasi relatif dari satu seri struktur analog (deret homolog).
· Reoptimasi peptida setelah ditentukan mutasi selktifnya.
· Mendapatkan struktur yang mendekati realitas untuk perhitungan dengan metode kimia kuantum.
· Kebolehjadian terjadinya efek sterik pada zat antara reaktif.

Empat metode medan gaya (force field) memudahkan kita untuk mengeksplorasi stabilitas dan dinamika sistem molekular untuk senyawa yang mempunyai massa atom besar. Untuk keperluan umum digunakan MM+, sedangkan untuk biomolekul dapat digunakan salah satu dari tiga metode medan gaya: AMBER, BIO+ dan OPLS.

MM+
· Sesuai untuk sebagian besar spesies non-biologi.
· Berdasarkan MM2 (1977) yang disusun oleh N.L. Allinger
· Menggunakan himpunan parameter 1991.
· Akan menjadi parameter default dalam kasus parameter MM2 tidak tersedia

AMBER
· Sesuai untuk digunakan pada polipeptida dan asam nukleat dengan senua atom hidrogen diikutkan dalam perhitungan.
· Medan gaya AMBER force field disusun oleh Kollman.
· OPLS
· Didesain untuk perhitungan asam nukleat dan peptida.
· OPLS disusun oleh Jorgensen.
· Parameter interaksi tak berikatan dioptimasi dari perhitungan dengan pelarut termasuk di dalamnya.

BIO+
· Dikhususkan untuk perhitungan makromolekul.
· Medan gaya CHARMM disusun oleh Karplus.
· Disusun Primarily designed to explore macromolecules.
· Termasuk parameter CHARMM untuk perhitungan asam amino.

Perhitungan dengan metode gabungan
             HyperChem memungkinkan kita untuk menjalankan perhitungan kuantum terhadap sebagian dari sistem molekular, misalnya terhadap solut, sedangkan sisanya dihitung menggunakan metode klasik. Tehnik gabungan ini (QM/MM misalnya) dapat dijalankan untuk semua metode kuantum, hanya saja agak terbatas untuk pemakaian metode ab initio.

Optimasi Struktur Molekul 

             HyperChem mengkombinasikan kemampuan optimasi untuk teknik mekanika kuantum dan mekanika molekular dengan fasilitas manipulasi dan visualisasi struktur, simulasi dinamika molekul dan pengaturan sesuai kehendak pengguna. Dengan program HyperChem, kita dapat menentukan struktur stabil dengan cara yang mudah. Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan menentukan kestabilan konformasi, keseimbangan isomerisasi, panas reaksi, produk reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia.

HyperChem mempunyai 4 jenis metode optimasi, yaitu:
· A steepest descent, dikhususkan untuk perhitungan yang cepat agar menghilangkan sterik yang berlebihan dan masalah tolakan pad struktur awal.
· Conjugate gradient (Fletcher-Reeves and Polak-Ribiere) untuk mencapai konvergensi yang efisien.
· Block-diagonal Newton-Raphson (hanya untuk MM+), yang memindahkan satu atom pada suatu waktu dengan menggunakan informasi turunan keduanya.


Pendekatan terintegrasi
              Hyperchem memberikan fasilitas terintegrasi untuk optimasi struktur, menghasilkan efisiensi dan kemudahan dalam menggunakan. Beberapa keuntungan yang diberikan antara lain:
· Metode optimasi dapat bekerja baik pada metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum.
· Pilihan optimasi, seperti kondisi penghentian, frekuensi dari update layar, pemilihan algoritma dapat diatur dengan cara yang sama untuk semua metode dan algoritma optimasi.
· Pengguna dapat merotasi dan translasi molekul ketika proses optimasi sedang berjalan. Pemilihan bagian molekul yang dioptimasi
· Jika beberapa atom dipilih ketika optimasi dimulai, hanya atom yang dipilih tersebut yang diperbolehkan bergerak, bagian molekul yang lain dipertahankan posisinya.
· HyperChem dapat memperlakukan bagian molekul/sistem yang tidak dipilih dihitung sifatnya dengan menggunakan metode mekanika kuantum, sementara bagian yang lain dapat dihitung dengan mekanika molekular.